Les paramètres de calcul sont rentrés dans Deformetrica en utilisant des fichiers XML. Il y a un fichier pour la deformation (paramDiffeo.xml) et un fichier pour chaque type d’objet. Ici nous utilisons un seul type d’objet (des surfaces) donc il y a un seul fichier (paramNonOrientedSurfaceMesh.xml).
Fichier paramDiffeo.xml
<?xml version="1.0"?> <sparse-diffeo-parameters> <kernel-width>1</kernel-width> <number-of-timepoints>20</number-of-timepoints> <kernel-type>p3m</kernel-type> <sparsity-prior>0.0</sparsity-prior> <use-fista>On</use-fista> <adaptive-data-sigma>Off</adaptive-data-sigma> <max-iterations>200</max-iterations> <max-line-search-iterations>20</max-line-search-iterations> <step-expand>2.0</step-expand> <step-shrink>0.5</step-shrink> <adaptive-tolerance>1e-3</adaptive-tolerance> <initial-step-multiplier>0.001</initial-step-multiplier> <number-of-threads>12</number-of-threads> </sparse-diffeo-parameters>
Fichier paramNonOrientedSurfaceMesh.xml
<?xml version="1.0"?> <deformable-object-parameters> <deformable-object-type>NonOrientedSurfaceMesh</deformable-object-type> <data-sigma>0.1</data-sigma> <kernel-width>1</kernel-width> <kernel-type>p3m</kernel-type> </deformable-object-parameters>
Le calcul s’effectue ensuite en ligne de commande en utilisant l’exécutable sparseAtlas3 :
Usage: /path/to/deformetrica-2.1/deformetrica/bin/sparseAtlas3 paramsDiffeos.xml NumberOfObjects paramsObject1.xml InitialTemplate1 Subject1 Subject2 Subject3 ... paramsObject2.xml InitialTemplate2 Subject1 Subject2 Subject3 ... Voici la commande utilisée pour le calcul :
/path/to/deformetrica-2.1/deformetrica/bin/sparseAtlas3 paramDiffeos.xml 1 paramNonOrientedSurfaceMesh.xml ./DemiSphere.vtk ./surfaces/01_groupe01_01.vtk ./surfaces/02_groupe01_02.vtk ./surfaces/03_groupe01_03.vtk ./surfaces/04_groupe01_04.vtk ./surfaces/05_groupe02_01.vtk ./surfaces/06_groupe02_02.vtk ./surfaces/07_groupe02_03.vtk ./surfaces/08_groupe02_04.vtk ./surfaces/09_groupe03_01.vtk ./surfaces/10_groupe03_02.vtk ./surfaces/11_groupe03_03_reference.vtk ./surfaces/12_groupe03_04.vtk > logout.txt