Pour pouvoir effectuer les calculs, il faut :
– aligner les surfaces par rapport à une référence
– générer une forme moyenne qui sera utilisé comme point de départ dans les calculs
– éditer les fichiers xml (data_set.xml, model.xml et optimization_parameters.xml)
L’alignement des surfaces a été réalisés avec Avizo avec l’outil Align surfaces (alignement rigide avec mise à l’échelle) en choisissant une référence aléatoirement. Le script align_surfaces_from_refererence_with_uniform_scale.hx disponible ici a été utilisé afin d’automatiser l’alignement des 3045 surfaces.
La forme moyenne utilisée ici a été obtenue en prenant aléatoirement plusieurs surfaces et en effectuant la moyenne des points, ce qui a été possible dans ce cas car les surfaces possèdent le même nombre de points et ces points sont ordonnées de la même façon.
Enfin les fichiers de paramètres ont été obtenu en utilisant les codes de Tools for Deformetrica :
python atlas_file_edition.py
Cela permet de générer les fichiers data_set.xml, model.xml et optimization_parameters.xml ainsi que le fichier launch_simulation_python.sh nécessaire pour faire les calculs.
Les fichiers sont téléchargeables ici.
Le calcul sera effectué en lançant le script launch_simulation_python.sh sous linux (une carte graphique gérant CUDA est recommandé) :
bash launch_simulation_python.sh